¿Qué es el Análisis de Componte Principales?
El Análisis de Componentes Principales (ACP) es una herramienta de reducción de dimensiones que se puede utilizar para reducir un gran conjunto de variables a un conjunto pequeño que todavía contiene la mayor parte de la información en el conjunto grande, transforma un número de variables (posiblemente) correlacionadas en un número (más pequeño) de variables no correlacionadas llamadas COMPONENTES.
Criterios
Si las variables originales están correlacionadas de partida, entonces no tiene sentido realizar un análisis de componentes principales.
No requiere la suposición de normalidad multivariada de los datos
Ejemplos
1.- Hájek, Hekera & Hájková (2002) registraron 14 variables ambientales en 70 estaciones distribuidas a lo largo de los montes Cárpatos. Dichas variables fueron: Ca, Mg, Fe, K, Na, Si, SO4, PO4, NO3,NH3,Cl,Corg, pH y conductividad.
1. Como primer paso se abre el archivo de datos, se procede a copiarlo,
2. Ahora bien se abre R, y se introduce el siguiente comando
> Ejemplo1 <- read.table("clipboard")
Este comando sirve para subir datos a la consola de R mediante el clipboard.
Para visualizar si los datos se han subido correctamente, se introduce el comando
> Ejemplo1
2. Una vez visualizado las datos y corroborar que están cargados correctamente, se procede a trabajar el análisis de componentes principales, para esto se introduce el comando
> acp.Ejemplo1 <- prcomp(Ejemplo1, scale = TRUE)
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| Gráfico obtenido en vegan del ACP de dicho ejemplo |
ade4TkGUI
Archivos de datos
Datos ejemplo 1Hájek, M., Hekera, P., & Hájková, P. (2002). Spring fen vegetation and water chemistry in the Western Carpathian flysch zone. Folia Geobotanica, 37(2), 205-224. Descarga datos ejemplo1
Datos Ejemplo 2 Barois, I., Lavelle, P., Brossard, M., Tondoh, J., Martinez, A., Rossi, J. P., ... & Decaëns, T. (1999). Ecology of earthworm species with large environmental tolerance and/or extended distributions. Descarga datos ejemplo2
Datos ejemplo 3
Datos ejemplo 4
Material de apoyo
Análisis de componentes principales http://eio.usc.es/eipc1/BASE/BASEMASTER/FORMULARIOS-PHP/MATERIALESMASTER/Mat_14_master0809multi-tema5.pdf
What is principal component analysis?
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